1、成本：生化法通过微生物代谢除磷，环保成本低。化学除磷需要添加除磷剂，属于消耗性产品。虽然处理成本不高，但与生化法相比还是比较高的。
2、污泥产量：生化除磷的原理是根据聚磷菌的生理需求，从水中吸收可溶性磷酸盐，在体内合成多磷酸盐，慢慢积累成高磷污泥。化学除磷是利用除磷剂与水中的磷酸根反应形成磷酸盐沉淀。药剂本身会增加污泥量，形成的磷酸盐微溶物也会沉淀形成污泥，从而增加污泥量。
3、反应时间：一般来说，微生物除磷需要一定的生物培养和代谢时间，而化学除磷剂可以在短时间内快速除磷。
4、适应性：化学除磷对水中的正磷酸盐效果明显，而偏磷酸盐和有机磷大多在处理前通过生化反应转化为正磷酸盐。
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