废水中所含的微生物可以利用氧化作用分解废水中的磷酸盐，除磷剂的混凝效果有利于废水电子受体的电中和性，可以转化水中的电子受体，促使了好氧微生物繁殖。因此除磷剂投加后，污泥通过除磷剂除磷后，含有大量的好氧细菌，微生物食物来源是好氧细菌，可以促使微生物氧化分解，实现了除磷的目的。
废水中除了存在无机物，还含有其他污染杂质，造成了微生物活动的压制，投加除磷剂，有利于水中的不易降解物质吸附沉淀，使污泥负荷降低，提高了生化系统磷酸去除率。
在好氧情况下进行生物除磷，废水中的磷通过除磷菌提取，此外部分磷被合成聚磷酸盐在细胞体内储存。除磷成本低廉，无法使磷彻底清除，因此除磷中使用了化学除磷和生物除磷并用。
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