污水除磷的方法通常为两种，一种是生物除磷，另一种是化学除磷剂除磷。
这两种方法根据不同的环境也绝有各自的优势和劣势：
化学除磷
1、化学法除磷最大的问题是会使污水处理场污泥量显著增加，因为除磷时产生的金属磷酸盐和金属氢氧化物以悬浮固体的形式存在于水中，最终变为处理场污泥。在初沉池前投加金属盐，初沉池污泥可以增加60%～100%，整个污水处理场污泥量增加60%～70%。在二级处理过程中投加金属盐，剩余污泥量会增加35%～45%。
2、化学除磷不仅使污泥量增加，而且使污泥浓度降低20%左右，因此使污泥体积即污泥数量加大，由此而来是增加了处理场污泥处理与处置的难度。
3、使用化学法除磷时，会使处理场出水增加可溶性固体含量。在固液分离不好的情况下，铁盐除磷有时会使出水呈微红色。
1、它与除磷之间最大的区别就是：成本低。从总成本看，微生物可以通过自身新陈代谢进行更新换代，但化学药剂属于耗材，需要不断消耗，总成本相对比较高。
2、产泥量少。生化除磷是利用聚磷菌的生理需求从水中摄取可溶性磷酸盐，在体内合成多聚磷酸盐，慢慢地累积成高磷污泥。而化学除磷剂需要投加化学药剂， 利用化学药剂与水中磷酸根反应形成磷酸盐沉淀，化学药剂自身会使污泥量增加，所形成的磷酸盐微溶物也会沉淀形成污泥，故而所形成的污泥量增加。
3、除磷范围广。在污水中，磷的存在形式有：正磷酸盐、偏磷酸盐和有机磷酸盐。化学沉淀除磷是利用多价金属离子盐与水中正磷酸盐反应形成微溶性磷酸盐， 它的作用对像是正磷酸根，而对偏磷、有机磷的作用不大。但在生化除磷中，除了可以将正磷酸盐直接利用外，还可以使其它磷转化为正磷。
但由于微生物对周围的生长环境要求比较严苛，水质变化敏感，在实际使用中，有些废水不适合直接使用，需要搭配化学除磷剂一起使用，或是在生化池中添加激活菌，增加其抵抗能力和处理能力。
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