当水体中的磷含量超过是水体自净能力后，就会出现富营养化甚至藻类繁殖泛滥。电镀行业排放废水中含有次磷盐；制造业，制药业，洗涤剂生产业都有各种环节用到磷，比如磷化，大分子含磷有11机物，磷肥等。根据排放标准，现在的磷排放之前都要降到0.5mg/L，所以除磷势在必行。选择除磷方法之前先看磷的价态，正磷是+5价，次磷+1价，亚磷+3价，有11机磷价态不定。正磷的去除方法比较系统成熟，分为生物除磷和化学除磷。
化学除磷主要方法是化学沉析法，将磷酸盐变成不溶性盐再析出。现在主要有钙盐，铝盐，铁盐。基础反应原理如下：
在这些沉淀反应过程中要注意PH，避免金属离子和氢氧根发生反应沉淀。
在投加药剂之后，磷酸盐会以这些难溶性颗粒的形式析出。然后还需要絮凝作用来将悬浮态的非溶性颗粒相互粘结，加快沉淀过程。常见的絮凝剂PAC,PAM，需要在加入后搅拌。
生物除磷是利用聚磷菌的生化作用除磷。基础原理是：利用聚磷菌在厌氧条件下能释放其细胞体内的聚合磷酸盐，而在好氧条件下又能超过其生理需要从水中吸收磷，并将其转化为细胞体内的聚合磷酸盐的特性，形成富含磷的生物污泥，通过沉淀从系统中排出这种富磷污泥，达到从废水中除磷的作用。
生物除磷工艺经常存在于脱氮除磷的A/O系列工程中，A是指厌氧段，在没有氧气和硝氮的情况下，聚磷菌会分解体内的聚磷酸盐，生成的磷酸根排入污水，生成的ATP吸收污水中的脂肪酸形成PHB（聚β-羟基丁二酸），作为内贮物，这个阶段称之为释磷。O是指好氧阶段，PHB分解产生能量，和废水中的磷形成聚磷酸盐，被聚磷菌吸收存在细胞内，磷就会随着活性污泥排出。
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